1、总经理是科技进步、科技创新、科技开发工作的第一管理者和第一责任人。
2、总工程师代表处长统一管理处科技进步、科技创新、科技开发工作。
3、工程管理部是主管部门，负责日常工作，结合在建项目的“难”、“新”点成立课题组开展科研攻关，由所在项目的工程技术部门具体管理。
4、成立中铁隧道集团有限公司第一工程处科学技术委员会（以下简称科委会，办公室设在工程管理部），总工程师为科委会常委代表。科委会常委由处领导组成，委员由处系统部门主管组成。